Le premier texte mentionnant la localité de Thônex remonte déjà au XIIe siècle. Signé de la main du pape Eugène II, il indique que le Monastère de Saint-Jean-Les-Grottes possède quelques biens sur ce territoire. Il faut cependant attendre le début du XVe siècle pour voir apparaître l’église de Thônex dans les écrits. En effet, le 22 mai 1412, Jean de Bertrand, évêque de Genève, effectue une visite dans cette paroisse et le compte-rendu de cette dernière est conservé aux archives de l’Etat de Genève. En 1707, l’église est entièrement reconstruite sous sa forme actuelle dans un style baroque savoyard qui lui vaudra d’être classée par le Conseil d’Etat, en décembre 1921.

Les fouilles archéologiques ont permis d’étudier plus précisément le terrain sur lequel a été bâtie l’église. Sous une épaisseur variable de terre végétale dans laquelle sont conservé les vestiges, apparaissent des strates de gravier meuble reposant sur un terrain argileux compact, témoin de la dernière glaciation (il y a 110’000 à 10’000 ans). Des fragments de tessons découverts se rattachent à une occupation du site dès la fin de l’époque romaine (IVe-Ve siècles). Toutefois, on ne saurait dire à quel type d’installation ils correspondent ; peut-être des constructions légères dont les traces ont disparu au fil des siècles.

Les sépultures antérieures à l’église primitive : un groupe de tombes dégagé dans le sous-sol de l’église actuelle témoigne d’une première utilisation funéraire du site. La position anatomique des ossements de plusieurs squelettes particulièrement bien conservés prouve que les défunts ont été déposés directement dans la terre, le corps peut-être enveloppé dans un linceul, sur le dos avec les jambes étendues, les bras allongés contre le corps et les avant-bras croisés sur le ventre – une position considérée par certains auteurs comme un indice de christianisation de la population. L’analyse à l’aide de carbone 14 a démontré avec 72% de probabilité que la date est comprise entre 525 et 695 de notre ère.

Les sépultures aménagées entre le Xe et le XIIIe siècle : aucune sépulture ne paraît avoir été enterrée à l’intérieur du sanctuaire, ce qui correspond bien aux ordonnances promulguées à cette époque. Les tombes contemporaines de ce premier édifice religieux sont installées dans un cimetière s’organisant autour du sanctuaire ; elles diffèrent de l’inhumation antérieure par leur orientation conforme à celle de l’église : position allongée sur le dos avec la face tournée vers le ciel…

Le plan de l’église de Thônex est modifié au cours d’un important chantier de reconstruction dans le courant du XIIIe siècle. A la suite de ces travaux, le tracé de la nef reste inchangé et la façade du nouvel édifice est posée sur les fondations du sanctuaire précédent.

Caveau funéraire de la chapelle Notre-Dame : la chapelle Notre-Dame apparaît pour la première fois dans les textes du XVe siècle.

Caveau funéraire de la chapelle Sainte-Catherine : la première mention de la chapelle Sainte-Catherine est relevée dans le procès-verbal de la visite pastorale du 28 mai 1443. Lorsque le culte catholique est rétabli dans l’église de Thônex après la Réforme au début du XVIIe siècle, les chapelles sont dans un état de délabrement avancé. En 1631, un autel y est établi par la confrérie du Rosaire qui semble désormais se charger de l’entretien du sanctuaire et apparaît sous le vocable du « Rosaire » à partir de 1693. En 1707, la chapelle du Rosaire est démolie lors du chantier de reconstruction de l’église et agrandie ; elle est vraisemblablement détruite au cours de la période révolutionnaire, car elle ne figure plus sur le cadastre français relevé en 1812.

Caveau funéraire de la chapelle Saint-François de Sales : la construction de la chapelle Saint-François de Sales est terminée peu avant 1682. Comme la chapelle Sainte-Catherine, elle est détruite lors du chantier de 1707, puis rebâtie contre le mur nord de la nouvelle nef.

Les sépultures aménagées entre le XIIIe et le XVIIe siècle : un grand nombre de sépultures se rattache à cet ensemble chronologique qui recouvre une longue période d’inhumations. Dans cette série, plusieurs groupes de tombes peuvent être datés plus précisément, en fonction de leur emplacement à l’intérieur du bâtiment ou de leur mention dans les registres de décès conservés dès le début du XVIIe siècle.

Selon les registres de décès, trente et une personnes sont enterrées dans l’église Thônex entre 1707 et 1783. La répartition entre les hommes et les femmes est égale et on a découvert un seul enfant lors des fouilles à l’intérieur de l’édifice. La majorité des tombes se situe dans les deux premières travées de la nef et dans les chapelles. Trois sépultures – dont deux appartiennent à des ecclésiastiques – sont placées dans la troisième travée, près de la barrière du chœur.

Dimanche 20 novembre 2016 a eu lieu une émouvante cérémonie : 140 squelettes, prélevés lors des fouilles archéologiques et entreposés depuis sous ses combles de l’église, ont trouvé une dernière demeure dans une crypte à l’entrée de l’église Saint-Pierre. Feu l’abbé Marc Passera, assisté par Imad Maouad, prêtre de l’église maronite, a prié sur ces ossements et les a bénis.

1 Les informations, photos et plans sont tirés de l’ouvrage « L’église Saint-Pierre de Thônex », Service archéologique, 1994.